核酸內切酶:在核酸水解酶中，是壹種能水解分子鏈中磷酸二酯鍵生成寡核苷酸的酶，對應於核酸外切酶。
核酸外切酶:即核酸外切酶核酸外切酶是壹種能夠催化3，5-磷酸二酯鍵水解，並從多核苷酸鏈的壹端依次降解核苷酸的酶。
30多年前，當人們在研究噬菌體(細菌病毒)的宿主特異性限制修飾現象時，首先發現了限制性內切酶。細菌可以抵抗新病毒的入侵，這種“限制”病毒存活的方法可以歸結為細胞內部的限制性內切酶可以破壞外源DNA。發現第壹批限制性內切核酸酶包括來自大腸桿菌的EcoR I和EcoR II，以及來自流感嗜血桿菌的Hind II和Hind III。這些酶可以在特定的位點切割DNA，將基因切割成小的基因片段。
限制性內切酶主要分為三種:ⅰ型限制性內切酶是具有限制和修飾兩種功能的復合功能酶，但在DNA鏈上沒有固定的切割位點，壹般從1kb的切割位點隨機切割到幾個kb，不產生特異性片段。ⅲ型酶與ⅰ型酶基本相似，不同的是ⅲ型酶有特定的切割位點，但這兩種酶對DNA限制性分析的意義不大。通常，限制性內切酶是指ⅱ型酶，它能識別並切割DNA鏈上的特定核苷酸序列，產生特定的DNA片段。
當70年代限制性內切酶的應用普及後，以NEB為代表的很多公司開始尋找更多的限制性內切酶。除了壹些病毒，限制性內切酶只存在於原核生物中。人們正在從成千上萬的細菌和古細菌中尋找新的限制性內切酶。對已測序的原核生物基因組數據的分析表明，限制性內切酶在原核生物中普遍存在，所有自由生活的細菌和古菌似乎都能夠編碼限制性內切酶。
單鏈核酸外切酶包括大腸桿菌核酸外切酶ⅰ(exoⅰ)和核酸外切酶ⅶ (EXO ⅶ)。核酸外切酶ⅶ (EXO ⅶ)能降解5’端或3’端為單鏈的DNA分子中的DNA，產生短的寡核苷酸片段。它是唯壹不需要Mg2+離子的活性酶，是壹種耐受性很強的核酸酶。核酸外切酶ⅶ (EXO ⅶ)可用於確定基因組DNA中某些特殊間隔序列和編碼序列的位置。它只切割末端有單鏈突起的DNA分子，實際操作時需要結合解旋酶操作。
雙鏈核酸外切酶包括大腸桿菌核酸外切酶ⅲ(EXOⅲ)、λ噬菌體核酸外切酶(λexo)和T7噬菌體基因6核酸外切酶。大腸桿菌核酸外切酶ⅲ(exoⅲ)具有多種催化功能，能降解雙鏈DNA分子中多種類型的磷酸二酯鍵。主要催化活性是催化雙鏈DNA從3’-OH末端以3’→5’方向釋放5’-單核苷酸。核酸外切酶ⅲ(exoⅲ)是大腸桿菌的核酸，通過其3′→5′核酸外切酶活性從雙鏈DNA分子產生單鏈區域。修飾後的DNA可與Klenow酶結合使用，同時可加入帶有放射性同位素的核苷酸，制備特異性放射性探針。
限制性內切酶分析技術是病原體變異、毒株鑒定、分型、了解基因結構和流行病學研究的有效方法，對動物檢疫，特別是區分進出境動物和動物產品攜帶的病毒是疫苗病毒還是野毒，推斷是本地病毒還是外來病毒具有重要的現實意義。