身為女明星的沙朗和工藤有希子壹起向魔術師黑羽盜壹(即Kid的父親)學習易容術,兩人因此相識.
真實身份為黑衣組織殺手的沙朗殺害了壹直在調查組織的FBI探員,即朱蒂的父親,並放火燒了朱蒂的家以毀屍滅跡,只有年幼的朱蒂幸免遇難,並被她父親的同事以"證人保護計劃"保護起來.
新壹和小蘭到紐約遊玩,有希子招待他們看百老會的歌劇"黃金蘋果",在劇院門口兩人遇見並認識了沙朗,但是在歌劇開演前沙朗借口有事先行離開.歌劇中發生謀殺案,新壹協助破案後,有希子留下錄口供,讓兩人先乘taxi回酒店.路上兩人為找沙朗給蘭的手帕而下車,蘭先是遇見了正在追捕銀發強盜的赤井秀壹,後又在廢倉庫遇見受傷的,逃跑中的銀發殺人犯.銀發殺人犯在想將兩人滅口時因欄桿斷裂而從高處掉落,被蘭和新壹所救,事後銀發強盜被發現自殺,但是可疑的是現場所有的痕跡都被抹去.(按照後來劇情的說法,當時的銀發強盜其實是沙朗為讓赤井秀壹掉以輕心以便於刺殺而假扮的,但是好像仍沒有成功,自己還掛了彩),這也是為什麽現場所有的痕跡都被抹去的原因(當然真正的銀發強盜早已被滅口並偽裝成自殺).正因為沙朗被兩人救過命,所以日後才對兩人處處維護.事後她在和有希子的電話中提到的"看來我也有自己的天使"指的應該就是蘭(此後壹直將蘭稱為天使).另外故事最後提到赤井秀壹和FBI在壹起,暗示了他的身份.
沙朗假造了自己的死亡,並以自己的女兒克裏絲的身份繼續生活下去,在組織裏代號是"貝爾摩的"(Vermouth即苦艾酒).假造死亡的原因可能是身份暴露,不過她應該有過某種際遇,以至於真實的面貌也變得很年輕(可能和新壹見面時候的樣子已經是化妝過的了),以後我們就稱她為"貝爾摩的".
工藤新壹被黑衣組織攻擊,並被Gin強行灌下APTX4869而變成了柯南.
柯南偶遇黑暗組織的成員Tequila,但是他被炸死.
黑暗組織的基層成員宮野明美,化名廣田雅美,參與了黑暗組織10億元搶劫案,得手後因背叛組織被Gin所殺,其妹妹宮野誌保因此不願繼續APTX4869的研究而被囚禁在瓦斯室.絕望的她服下了藏著的APTX4969想要自殺,沒想到與新壹壹樣沒被毒死而身體縮小成兒童時期模樣,得以掙脫了手銬從垃圾信道逃了出來.因為她之前已經知道新壹也變小了,所以想要向他求助,最後倒在新壹家門口,被博士所救,並寄住阿笠博士家.
新出明智的父親被其繼母殺害,在柯南的協助下破案(這是真正的新出明智唯壹的壹次出場),同時為保護無辜的女傭,警方修改的案件紀錄,這壹點日後被朱蒂用來指證假冒的新出明智.
哀被組織成員Pisco綁架,後在柯南的協助下逃脫,Pisco因身份暴露被Gin滅口(當時貝爾摩的也在現場,事後熄影並在日本定居下來.由於哀感覺當時有其他組織的成員在場,事後柯南開始懷疑她也是組織的壹員).
貝爾摩的制造車禍企圖害死新出明智壹家,並開始假冒新出明智的身份.另壹方面,長大的朱蒂加入了FBI,追查貝爾摩的來到了日本,在察覺了貝爾摩的的企圖後暗中救下新出明智,並且自己以蒂丹高中英語老師的身份潛伏下來,以便於監視(朱蒂通過比對指紋,發現了沙朗=貝爾摩的的秘密).
朱蒂與柯南相識,並看見他借助園子破案(這是朱蒂的首次正式登場,顯然她發現了柯南不簡單,並且可能已經知道了內幕.不過事後她打電話給同伴時,"腐爛的蘋果"的代號指的是化妝成新出的貝爾摩的).
少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的朱蒂和新出,這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕,後來公車被強盜劫持,雖然最後在眾人的努力下強盜被抓,但是哀留在快爆炸的車上想壹死了之,最後被柯南所救.(現在看來哀感覺到的組織成員就是貝爾摩的,而朱蒂與她在壹起應該是為了監視其行蹤,好在在柯南的掩護下無論是朱蒂或是貝爾摩的都沒有發現到哀.同時,本集也是赤井秀壹的第壹次正式登場,在最後他的報告表明他正在監視什麽人(現在看來應該是協助朱蒂監視貝爾摩的).另外值得壹提的是新出(貝爾摩的)在車上有維護柯南的舉動).
柯南等人認識了來自芝加哥的老人"詹姆士 布來克",後來他被誤認為是某名人而遭綁架,後在柯南的協助下被救,並被赤井接走(這個詹姆士應該事朱蒂和赤井的上司,這壹集主要就是讓他露壹下面,以免以後出現時過於唐突).
佐藤警官去和白鳥相親,最終高木在柯南的幫助下成功阻止(本集唯壹值得註意的是柯南是利用新出來達到冒充高木的目的的,但新出(貝爾摩的)幫助他園了謊,這表明了貝爾摩的這時候已經知道了柯南=新壹的秘密,原因可能是身為有希子好友,她很可能見過新壹小時候的照片,因此發現了這個秘密,當然,他仍然誰也沒告訴.另外從這壹集開始新出出場的次數開始頻繁,暗示他是與主線相關的人物).
毛利小五郎相關的案卷被偷,後又被送回來,暗示有人在調查他們,弄得柯南相當緊張.偷案卷的是貝爾摩的,主要目的是了解與新出相關的那個案件(可惜仍然遺漏了細節~),將相關案卷都偷走就是為了誤導FBI她的目標和毛利有關,在故事的最後有赤井監視毛利偵探所的畫面,表明了FBI果然將註意力轉向毛利.
柯南又壹次在朱蒂面前破案,案件本身仍然無關緊要,這壹集有幾點值得註意:壹是朱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露,並且提到了FBI.二是在案件中蘭回想起自己曾經見到過"帶黑色針織帽的男子"(即赤井秀壹);最後就是在故事結尾貝爾摩的發郵件給GIN,提到了Sherry,並且向打了叉的宮野誌保(即哀)的照片發飛鏢,旁邊還有柯南和蘭的照片.
案卷的丟失讓柯南很不安,他基本肯定了克裏絲是組織的成員,並進壹步懷疑朱蒂=克裏絲,剛巧趕來的服部對此很感興趣,於是鼓動柯南去朱蒂的公寓試探,在雙方接觸過程中發生命案,案子雖然解決,但是對朱蒂的試探未果.(這壹集的重點就是在最後朱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片,並且照片上的字跡和貝爾摩的的壹模壹樣,按照後來的說法,這是朱蒂曾潛入新出(即貝爾摩的)的房間,發現相關的照片後復制的,同時朱蒂也借此知道了貝爾摩的的目標是哀,不過當時這些照片的出現,顯然給了我們朱蒂=貝爾摩的的很大的誤導.另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出).
少年偵探團成員去森林中尋找光彥,本集中提到了另壹個組織的成員邵淵己壹郎,其實此人在浪花連續殺人事件就曾出現,而且不過是組織裏壹個無足輕重的角色而已.
小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓,從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員Tequila接觸的對象.最後通過追查案件,柯南獲得了組織的線索--板倉的日記(案子的最後柯南和蘭遇到了赤井秀壹,在談話中赤井提到了壹個表面堅強、暗地流淚的女孩(應該就是指他的女朋友)另外借此,柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇的事情).
柯南通過板倉的日記了解到了黑暗組織的行蹤,並試圖冒充板蒼與伏特加接頭,但是被Gin識破而失敗(雖然是和黑暗組織的較量,但是和主線劇情的關系並不大(感覺Gin和伏特加都被排除在主線之外了),唯壹的影響就是最後柯南和哀離開,時"恰巧"被赤井看到,好像哀也對此有所感覺.另外板倉的日記中提到黑暗組織的龐大計劃甚至影響到人類的前途,看來我們的柯南離"拯救世界"的老套不遠了).
金錢買不到的友情,劇情本身和主線無關,但是在開始時,阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家,而母親艾理娜是壹個英國留學生,並且黑暗組織可能正在從事讓死人復活的計劃.
少年偵探團遇到殺人事件,柯南協助解決.其中值得註意的是在故事的整個過程中柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤,不過跟蹤者最後被迫放棄~
(最後赤井秀壹的出場,表明跟蹤他們的人是FBI,由於哀與照片中的人物相似,因此FBI猜測她就是貝爾摩的的目標.另外最後赤井對著哀的照片說了壹句"真是太像了"暗示他和哀以前就曾相識,奇怪的是朱蒂和赤井好像不常聯系,也不是經常互通信息).
哀得了感冒發燒,博士和柯南送他去醫院,但在停車場遇到命案而被阻,後來又遇到購物中的蘭、園子和朱蒂,發現他們行蹤的赤井秀壹也跟蹤而至,最後柯南解決了案件,但是博士卻借朱蒂的車將哀送回了家,並找來新出醫生給哀看病.故事的最後出現了貝爾摩的將哀的照片燒毀,並說"準備好了嗎?我發現了,我去找妳了"的畫面(這下哀可算是徹底暴露了,貝爾摩的和FBI雙方都知道了她的住址,貝爾摩的還在博士家安了竊聽器).
博士帶柯南和哀去訪問哀的父親生前的好友,設計師出島壯平,試圖了解更多關於哀的父親的事.當然在設計所免不了又發生命案,柯南在破案的同時,也找到了由哀的姐姐設法藏在設計所的,哀的母親留給哀的錄音帶.(哀的母親在留給哀的19歲的錄音中應該提到了某件驚人的事情,不過出於青山愛賣關子的癖好,我們對此仍壹無所知.另外在故事的最後,貝爾摩的打電話找組織成員"Calvados"(即蘋果酒)來幫忙,正策劃著某項行動).
朱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務(顯然是也將有所行動),不過在蘭和園子到朱蒂家中開Party時,蘭意外發現了鏡子背後的照片.
貝爾摩的策劃了幽靈船活動,邀請了小五郎、新壹和Gin,試圖調開柯南而刺殺哀;朱蒂了解到了這個計劃,搶先壹步接走哀並試圖將貝爾摩的引入陷阱,但是貝爾摩的已經知道了這個陷阱,並將計就計作了安排;另壹方面,柯南邀請服部化妝成自己赴會,而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸;但是哀不放心柯南去,而偷了柯南的跟蹤眼鏡跟蹤前往;最後,蘭因為想了解朱蒂的真正身份,躲在了朱蒂的汽車的後趕到救了哀.其間各方勢力相互沖突,各個密底紛紛揭曉,形勢幾變,具體情節這裏也不詳述了.最後貝爾摩的還是逃脫了赤井的追捕,也又壹次放過了柯南,並且向Gin隱瞞了柯南和哀的事,而朱蒂設法瞞過了蘭,蘭,仍然壹無所知……總之壹切情形照舊,青山騙錢計劃繼續!~ 江戶川 柯南
他是故事裏的男主角，"名偵探柯南"的靈魂人物。原名工藤新壹，帝丹高中二年極學生，與小蘭是青梅竹馬。繼承了父親的超強推理能力，幫助警方破獲了不少案子，被譽為高中生名偵探。他喜歡看推理小說，最崇拜福爾摩斯，另外踢足球的水平也是壹流的。不幸被卷入黑衣組織的交易被灌下APTX4869，但是沒有死，只是變成了小孩，目前年齡定為6、7歲。改名江戶川柯南（取自兩個偵探小說裏的人名）。幸虧智力沒有衰退，頭腦還是壹樣靈光，推理能力絲毫未減。為了找出黑衣人的下落，寄住在家開偵探事務所的小蘭家，壹方面暗地協助小五郎破案。而體力上的不足*阿栗博士的發明來彌補。變小後就讀於帝丹小學1年紀B班，認識了步美、元太、光彥三人，還成立了少年偵探團，是其中最重要的"首腦"。不管是變小前後，唱歌五音不全還是沒有辦法變更的事實……唱歌走音非常誇張。最常穿著的服裝：紅領結+藍西裝+短褲+球鞋。但現較少穿著) 受到許多同年齡(?)的女孩們歡迎，人氣和未縮小前不相上下！ 有多次差點泄漏身分，但到最後總是千鈞壹發。知道他真實身份的有：阿利博士、他父母（聽博士說的）、服部平次（與柯南壹起破案過程中自己發現的）、怪盜Kid（與柯南的較量中自己發現的）、灰原哀（變小前奉黑衣組織之命調查新壹時發現的）。
名字的由來∶「江戶川」亂步、「柯南」．道爾。
初登場：002 董事長千金綁架事件
工藤新壹
帝丹高中二年極學生。5月4日生，金牛座。與小蘭是青梅竹馬，兩人感情很好。繼承了父母的優良基因。有敏銳的觀察力、過人的推理能力，是位高中生偵探。幫助警方破獲了不少棘手的案件，經常活躍在新聞、報紙上，擁有不少偵探迷。被譽為"高中生名偵探"、"平成的福爾摩斯"、"日本警察的救世主"、"關東的工藤"。他喜歡看推理小說，偶像是柯南．道爾所創造的名偵探：夏洛克．福爾摩斯。最喜歡的柯南．道爾的作品是〈四個簽名。最擅長的運動是足球，踢足球的水平也是壹流的，其它運動也很在行，國中時是足球隊的中鋒。最大缺點唱歌五音不全，是個大音癡。 喜歡的食物是檸檬派，最討厭葡萄幹("特別篇"漫畫山岸榮壹老師設定)。喜歡的人是青梅竹馬的毛利蘭。自父母3年前到美國居住，獨自壹人住在「推理之家」中。首次偵辦的案件是在前往洛杉磯的飛機上。住址是東京都米花市米花町2丁目21番地。
名字的由來:「工藤」俊作。
初登場：001 雲霄飛車殺人事件
名言：真相永遠只有壹個。
工藤優作
他是工藤新壹的父親，推理能力超強（比新壹還厲害），首屈壹指的推理小說家（為什麽沒做偵探？），目前仍然在連載中的人氣作品是《暗之男爵（Night Baron）》，在美國十分受歡迎，榮登排行榜寶座。講的是壹個戴著恐怖面具，壹身黑色禮服的怪人，經常在晚上作案，手段高明，神出鬼沒（除了打扮外與怪盜Kid沒什麽區別嘛）。是目暮警官遇到瓶頸時諮商的對象。 20年前在壹家高級意大利餐廳向有希子求婚。他和妻子長年在國外生活，可是新壹不願意住到國外去（是因為小蘭嗎？），後來新壹變小後住到小蘭家，結果新壹家就空關著，還曾經被元太、步美他們當成鬼屋呢。毛利蘭
蘭是故事裏的女主角，新壹的青梅出馬，帝丹高中2年級生，和新壹是同班同學，血型和新壹相同，對他有著超越壹般朋友的感情但又不願承認。好友為園子及和葉，堅強又溫柔的女孩，擅長料理家事，喜歡追求流行、偶像，常與園子去唱卡拉OK。 因崇拜空手道冠軍前田聰，便開始學習空手道且對空手道有著濃厚的興趣，工夫也不淺，為空手道社的主將，還曾經獲得東京空手道大會的冠軍。所以她壹生氣柯南就很怕。 不過她最怕的東西是妖魔鬼怪，明明有實力打倒襲擊她的兇手，可是卻被嚇得動彈不得。她曾經多次懷疑過柯南和新壹是同壹個人，但是陰差陽錯的被柯南瞞過去了（有時是有人幫忙的）。希望分居的父母能和好，經常計畫壹起碰面，但總是被拆穿。最大的願望是新壹趕快回來吧！但其實小小新壹就在身邊……
名字的由來：「莫理(mo ri)」士．盧布「朗(ran)」。
初登場：001 雲霄飛車殺人事件
毛利小五郎
小蘭的父親，職業是偵探，推理能力奇差，自行推理出的案件約不到十件，但壹關系到英理就變的非常精明（汗），大多都由柯南的暗示才得以破解。所以每回柯南都把他麻醉後再用他的聲音揭破案件的真相，所以大家送這位毛利偵探壹個"沈睡的小五郎"的名號。整天喝啤酒泡電視。特技:柔道，射擊。他原來是壹名優秀的警局刑警，和目暮十三是同事，後來因為壹起事件而辭職（詳見劇場版《十四番目之標的》），改行當私人偵探,在自家二樓開「毛利偵探事務所」,三樓為居住地。 毛利小五郎的槍法十分準，柔道也是壹流的，大學時代是柔道社的，被主將認為是社裏最有實力的人（小蘭的空手道才能也有他的遺傳因素吧）。小五郎壹見漂亮女性就眼睛發直，最喜歡的偶像是歌星沖野洋子小姐。另外他的吃相非常不好，沒事喜歡去打麻將，或是喝啤酒，經常喝醉。因受不了小五郎的種種不良嗜好,老婆妃英理因此受不了他，於是在十年前就與他分居。每每柯南要偵查案件，小五郎總以為他要來妨礙辦案，所以常在柯南頭上留下壹個大腫包……
名字的由來：明智「小五郎」。
初登場：001 雲霄飛車殺人事件
妃英理
小蘭的母親，是個有名的律師，開了壹家"妃法律事務所"。因受不了小五郎的種種不良嗜好，所以目前處於分居狀態。（詳見劇場版《十四番目之標的》）。與小蘭的感情很好，經常連絡。有精密的分析頭腦，比小五郎能幹許多。因為新壹和小蘭小時候出去探險而被她罵，故新壹便不由得對她產生壹種恐懼感。她燒的飯菜超級難吃。