1. 建築結構的特殊性。壹般的單層潔凈廠房結構分上下兩層，上層為技術夾層，主要作各類管道的鋪設，如工藝管道、通風管道、結排水管、電氣橋架等，壹般為大通間；下層作為主要的潔凈生產區，內部隔斷壹般用彩鋼板，按GMP要求廠房的溫濕度均有嚴格的控制，並通過潔凈中央空調系統調節實現。潔凈區建築材料通常采用普通彩鋼板，內芯為泡沫塑料，其缺點是壹旦受熱將以大量煙霧而非明火形式出現，而煙霧正是火災造成人窒息的主要原因。
2.凈化生產車間水平通道、安全出口的封閉性。制藥車間壹般都是單層或雙層建築，出於藥品生產化的需要，所有通道上的疏散門在生產期間均是關閉的，部分緊急出口處還設置了封閉式的玻璃安全門。
3. 疏散通道的復雜性。生產車間對進出口要求非常嚴格，車間內有百級、萬級和十萬級等區域，其凈化要求高。進入車間均要經過換鞋區、壹更二更、緩沖間等房間，有4-5道門，並且因為潔凈度及壓差要求，每進入壹個房間必須隨手關門。因此非長期在車間內工作的人很難快速而順利地找到出口。
4. 各項生產設備、包裝用房的獨立性導致火災隱蔽性。在藥品生產車間，最常見的就是壹個壹個的小生產間，大到百余平方米，小到壹兩平方米，由於生產工藝的現代化，許多房間不需要人照看。壹旦發生火災，其初起火災很難被人迅速發現，其火災具有隱蔽性。
5. 化學危險物品使用的多元性。生產過程中，經常使用、合成多種化學危險物品，如化學合成方法生產的原料、中間體和副產品、包括使用到的有機溶劑以及中藥醇提用到的大量酒精等，大多是易燃易爆物品，閃點和燃點都比較低，熱值大並能發生爆炸。
6. 藝流程的不穩定性。藥品生產的工藝不僅復雜，而且要求非常嚴格，有的制藥工藝流程多達20多種，每道工序要求都十分嚴格，不能有半點疏忽和大意，例如我公司研發的抗癌新藥光敏劑的生產，就有使用大量的化學危險物質，其主要工藝流程就分備料、投料、化學反應工藝、出料、分離、幹燥、中間體或成品的存放等多個工藝流程，而在這些工藝流程中，每壹個流程又分出若幹個生產工序，而這些工序又不穩定，無論哪壹個環節發生問題，就有可能造成火災事故的發生，並有可能造成連鎖反應。