現代選擇性殺菌劑的廣泛使用，不僅大大降低了農作物病害對糧食、蔬菜、水果等農產品的產量損失，而且提高了農產品的品質，從而提高了農產品的商品性和食品安全性，降低了農產品的價格。食品安全性的提高與黴菌毒素和植物抗毒素的減少密切相關。例如黃曲黴毒素、麥角毒素、鐮孢菌毒素、棒曲黴素和細鏈孢黴酸。
而殺菌劑對植物病害的作用不如農藥對害蟲的作用明顯，技術要求相對較高，所以植物病害的化學防治或殺菌劑的施用水平關系到植物保護的科技水平。2005年，殺菌劑的國際消費量約占農藥總量的22.7%，與農藥接近，占26.6%。但值得註意的是，在植保技術和科學意識還比較落後的發展中國家，農藥的用量遠高於殺菌劑。比如我國殺菌劑的用量只有農藥的1/5。隨著人們對生活質量要求的提高和科學知識的普及，傳統的手工農業向機械化、集約化農業發展，殺菌劑在我國具有巨大的市場應用潛力。