公司的前身是創建於1986年的科發藥廠，1959年改稱為上海四藥廠。1993年被上海市認定為高新技術企業, 同年9月改制為股份公司。公司主要經營合成藥、抗生素、口服藥品及制劑等醫藥產品，產品品種有40余種，其中約1/3的產品出口。公司在行業中占較重要地位，綜合排序位於前列。 因受企業改造、企業規模和產品附加值之間的矛盾及市場因素的影響，四藥股份95年以來主營利潤和資產質量逐年下降，發展缺乏後勁。1998年7月，上海醫藥(集團)總公司決定對其實施資產重組。上海醫藥(集團)總公司以下屬企業上海市醫藥有限公司、上海醫藥工業銷售有限公司、上海天平制藥廠重組後的優質經營性資產與四藥股份原有資產進行了等值整體置換。同時增發社會公眾股4000萬股。 上海市醫藥股份有限公司(以下簡稱"上海醫藥")換股吸收合並上海實業醫藥投資股份有限公司(以下簡稱"上實醫藥")、上海中西藥業股份有限公司(以下簡稱"中西藥業")已獲中國證券監督管理委員會《關於核準上海市醫藥股份有限公司向上海醫藥(集團)有限公司等發行股份購買資產及吸收合並上海實業醫藥投資股份有限公司和上海中西藥業股份有限公司的批復》(證監許可[2010]132號)核準，本次換股吸收合並已於2010年2月23日完成。 本次換股吸收合並後，公司股份總額增加799,152,702股，增至1,992,643,338股，其中換股吸收合並上實醫藥新增公司股份592,181,860股，換股吸收合並中西藥業新增公司股份206,970,842股。 本公司自2010年3月5日起變更證券代碼，原證券代碼為"600849"，變更後證券代碼為"601607"，本公司證券簡稱為"上海醫藥"。原證券代碼"600849"對應之證券簡稱變更為"上藥轉換"。 本公司重大資產重組已經全部完成。本次重大資產重組是上海實業(集團)有限公司(以下簡稱"上實集團")對集團旗下醫藥資產及業務實施的全面重組整合，通過集團旗下三家上市公司吸收合並並註入資產，基本實現上實集團包括上藥集團核心醫藥業務和資產的整體上市。經本公司申請，並經上海證券交易所核準，本公司自2010年3月5日起變更證券代碼，原證券代碼為"600849"，變更後證券代碼為"601607"，本公司證券簡稱為"上海醫藥"。原證券代碼"600849"對應之證券簡稱變更為"上藥轉換"。本公司股東之權益不會因證券代碼變更發生任何改變。