1、制定者不同
就目前法規來看，國家基本藥物目錄由國家制定並頒布，自2009年後，國家基本藥物將全部自動進入各省的醫保目錄當中。
醫保目錄為各省制定，除必須包含的國家基本藥物外，還可根據本省實際用藥情況增加部分藥物。
2、範圍不同
範圍不同,目前我國國家基本藥物目錄收錄的藥品有2070條。範圍很廣。
醫保目錄的範圍與國家基本藥物目錄相互交叉。
擴展資料：
壹、國家基本藥物目錄將新增165種藥物品種。
1、新增品種數量：國家基本藥物目錄由520種增加至685種，其中西藥***417種，中藥268種。
2、藥物品種結構優化：突出基本用藥需求的同時註重兒童等特殊人群的用藥。
3、規範藥品劑型和規格：685種涉及劑型1110余個、規格1810余個。
4、中西藥並重：新增藥物品種增加了功能主治範圍，中醫臨床覆蓋更加全面。
二、國家基本藥物目錄新增對醫保目錄的影響
根據今年9月出臺的《關於完善國家基本藥物制度的意見》內容，醫保部門按程序將符合條件的基本藥物目錄內的治療性藥品優先納入醫保目錄範圍或調整甲乙分類。
三、《國家基本藥物目錄》與《國家醫保目錄》現狀
今年9月出臺的《關於完善國家基本藥物制度的意見》提出，醫保部門按程序將符合條件的基本藥物目錄內的治療性藥品優先納入醫保目錄範圍或調整甲乙分類。
基本藥物與醫保藥品既有***性，也存在差異。兩者在安全有效、成本效益比方面無明顯差別，基本藥物在“防治必需、保障供應、優先使用”方面屬性更強。
基本藥物不僅兼顧臨床必需，還考慮公***衛生必需，包括免疫規劃疫苗、抗艾滋病和結核病等藥品。
基本藥物需采取多種方式保障有效供給，確保不斷供，政府通過定點、儲備等方式保障生產供應，通過財政專項經費或納入醫保基金予以高水平保障，提高患者對基本藥物的可負擔性。
同時，基本藥物是臨床首選、優先使用的壹線藥品，隨著按病種付費、總額預付等醫保支付方式改革不斷深入，從保證供應、指導臨床合理用藥角度。
國新網-關於完善國家基本藥物制度的意見
中國醫療網-醫保目錄查詢
百度百科-國家基本藥物目錄