根據上述職責，市人力資源和社會保障局設17個內設機構：
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、財務等機關日常工作；負責綜合性文件起草；組織協調機關各科室日常工作；編制部門經費預決算並管理相關專項經費；負責局機關和指導直屬單位財務和國有資產管理工作；承擔安全、保密、政務公開、信息、人力資源戶頭管理、信訪等工作；承擔人力資源和社會保障新聞、對外宣傳等工作。
（二）政策法規科
組織開展人力資源和社會保障政策研究、綜合調研工作，提出促進人力資源和社會保障發展的政策建議；牽頭組織起草重要文稿；協調專家咨詢工作；起草人力資源和社會保障有關地方規範性文件和配套政策文件；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承辦有關行政復議、行政應訴和法制宣傳工作。
（三）規劃財務和社會保險基金監督科（綜合規劃科）
參與擬訂人力資源和社會保障資金（基金）財務管理辦法並監督實施；會同有關部門編制人力資源和社會保障資金（基金）預決算；組織預算執行情況的績效評價工作；擬訂社會保險專項基金和就業資金調劑分配計劃。
會同有關部門擬訂社會保險及其補充保險基金和勞動保障專項資金的監督管理制度並組織實施，依法監督檢查；負責審計、基金要情專報；組織實施社會保險檢查資格認定和組織考核工作；組織查處基金管理使用中出現的重大案件；承擔市社會保險基金監督委員會的日常工作。
擬定人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃並組織實施和監督落實。承擔機關、事業單位人員的綜合管理工作；管理機關、事業單位工資總額和工資基金；承擔市直機關、事業單位財政統發工資人員的審核工作；承擔有關信息規劃工作；承擔統計管理、數據發布工作；承擔機關、事業單位工資統計與綜合分析工作；承擔人力資源和社會保障有關科技項目和國際援貸項目的管理工作。
（四）就業促進科（人力資源市場科）
擬訂就業規劃和年度計劃，組織實施勞動者平等就業、農村勞動力轉移就業和跨地區有序流動政策，健全公***就業服務體系；指導和規範公***就業服務信息管理；擬訂專項就業資金使用管理辦法；牽頭擬訂高校畢業生就業政策並指導、監督實施相關工作；擬訂就業援助和特殊群體就業政策；組織實施國（境）外人員（不含專家）入境就業管理政策；承擔外企就業服務機構設立初審工作。
擬訂人力資源市場發展政策和規劃；組織實施國（境）外、省外人力資源中介服務機構進入本市的管理政策；組織實施人力資源中介機構資質標準；組織實施人力資源市場從業人員資格標準；指導和監督對人力資源中介機構的管理；擬訂有關人員調配政策；指導和監督有關人員調配工作。
組織實施農民工工作綜合性政策和規劃，維護農民工合法權益；推動農民工相關政策的落實；協調解決重點難點問題，協調處理涉及農民工的重大事件；指導、協調農民工工作信息建設；承擔市農民工工作聯席會議的日常工作。
（五）軍官轉業安置科（市軍隊轉業幹部安置工作領導小組辦公室）
組織實施軍隊轉業幹部安置政策；承擔軍隊轉業幹部安置計劃的編制下達工作；承擔軍隊轉業幹部的分配安置工作；承擔軍隊轉業幹部教育培訓工作；組織協調落實部分企業軍隊轉業幹部解困和穩定政策；負責具有幹部身份的隨軍家屬的安置；承擔市軍隊轉業幹部安置工作領導小組的日常工作。
（六）調解仲裁管理科（市勞動人事爭議調解仲裁委員會辦公室）
統籌擬訂勞動、人事爭議調解仲裁工作的實施規範；指導開展勞動、人事爭議預防工作；管理調解員、仲裁員，組織仲裁庭審工作；指導、監督勞動人事爭議調解、仲裁工作；承擔市人事爭議仲裁委員會和市勞動爭議仲裁委員會的日常工作。
（七）培訓教育科
承擔專業技術人員繼續教育的綜合管理工作，指導、協調和管理專業技術人員職業資格培訓工作；指導專業技術人員培訓施教機構的認定工作；承擔企事業單位管理人員繼續教育管理工作；擬訂城鄉勞動者職業培訓規劃和政策；指導實施企業職工、城鎮下崗失業人員和農村勞動力技能培訓；擬定職業技能地方標準；完善職業技能資格制度；擬訂高技能人才、農村實用人才培養和激勵政策。
擬訂技工學校的發展規劃、管理規劃及相關政策並實施指導；執行技工學校教材建設規劃和評估認定制度；擬訂技校有關專項資金使用配套辦法；指導技能競賽、師資隊伍建設；綜合管理和指導技工學校招生、畢業生推薦就業等工作。
（八）專業技術人員管理科（外國專家管理科）
組織實施專業技術人員管理政策；承辦深化職稱制度改革事宜；組織和指導管理專業技術資格和執業資格考試制度以及專業技術職務聘任制度的實施；組織實施農村實用人才職稱評定政策；承擔中評委設置、調整和評審結果確認工作；承擔博士後管理工作；承擔高層次專業技術人才規劃和培養工作；組織全國傑出專業技術人才、享受政府特殊津貼專家、有突出貢獻中青年專家的選拔推薦和管理工作；組織實施國（境）外機構在本市招聘專業技術骨幹人才管理政策。指導、協調並組織實施國家和省重點聘請外國專家規劃，會同有關部門承辦外國專家證和《聘請外國專家確認件》的審核、發放；管理、協調智力引進工作，建立智力引進服務體系，培育引進國外智力人才市場；審核引進國外技術人才、管理人才項目；辦理使用國家和省、市資助的重點出國（境）培訓人員事宜，審核部門與地方出資的出國（境）培訓計劃、出國（境）培訓項目，備案管理隨合同出國（境）的培訓項目。
（九）事業單位人事管理科
指導事業單位人事制度改革和人事管理工作；擬訂事業單位人事制度改革方案及事業單位人員管理政策並組織實施；管理指導事業單位進人考試工作；承辦國家特殊需要人員的調配工作；承擔事業單位專業技術崗位設置方案的核準、崗位聘用及備案事宜；組織實施事業單位招聘國（境）外人員政策；承擔事業單位工作人員的考核、獎懲有關工作；承擔市直和中央、省駐湛事業單位招收聘用制幹部相關工作。
（十）勞動關系科
組織實施勞動關系調整政策、制度建設和勞動合同、集體合同的管理規範；指導勞動關系處理工作；承擔企業相關人員工資水平調查的統籌協調與組織實施；綜合協調外商投資企業的勞動工資政策；審核市屬和中央、省駐湛企業的工資總額和主要負責人的工資標準；組織、指導執行企業最低工資標準有關規定；審定企業綜合計算工時制和不定時工時制；編制和發布勞動力市場工資指導價位；會同有關部門擬訂和指導實施企業建立和諧勞動關系相關辦法；指導和協調企業職工分流安置工作；審核指定的市屬和中央、省駐湛企業關閉、破產、改制等職工分流安置方案。
（十壹）工資福利科
組織實施機關事業單位工作人員工資收入分配、福利和離退休政策；承擔公務員工資水平調查的統籌協調與組織實施；承擔市直機關事業單位工資統發及離退休費統發和工作人員晉級增資審核工作；承擔事業單位績效工作總量的核定工作；組織實施機關事業單位工勤人員崗位等級規範；承擔機關事業單位退休人員管理服務有關工作。
（十二）養老失業保險科
組織實施機關企事業基本養老保險及其補充養老保險政策；依法擬訂企業職工、城鄉居民養老保險政策、發展規劃和標準配套辦法並指導實施；擬訂企業基本養老保險費率和基金征繳配套辦法；擬訂年度調整企業養老保險待遇配套辦法；負責審批政策性提前退休的有關工作；審核參加市直養老保險統籌企業的企業年金實施方案，承擔企業年金基金管理合同備案工作。
擬訂失業保險的配套政策、發展規劃和標準並組織實施；執行失業保險費率、基金征繳政策、待遇項目和給付標準；建立失業預警制度，擬訂預防、調節和控制較大規模失業的政策；擬訂失業人員在領取失業保險金期間患病、生育、死亡等有關待遇的配套政策。
擬訂農村養老保險和被征地農民社會保障的基本政策、發展規劃和標準並組織實施；會同有關部門擬訂農村保險基金管理制度、運營辦法和經辦機構的管理規則；擬訂征地方案中有關被征地農民社會保障措施的審核辦法；參與指導、監督農村社會保險基金的繳納、待遇的支付。
擬訂和組織實施企業退休人員社會化管理服務的政策、規劃和標準；指導、監督企業退休人員社會化管理服務工作。
（十三）醫療工傷保險科（市勞動能力鑒定委員會辦公室）
執行醫療保險、生育保險的基本政策、發展規劃和標準並組織實施；擬訂和實施醫療保險、生育保險基金管理辦法；執行基本醫療保險、生育醫療的藥品、診療和醫療服務設施的範圍和支付標準；擬訂定點醫院、藥店的管理及費用結算辦法；擬訂補充醫療保險政策和管理辦法；指導市直和中央、省駐湛單位醫療保障管理工作。
組織實施工傷保險的基本政策、發展規劃和標準；組織擬訂工傷預防和康復政策；執行康復機構、康復器具安裝機構的資格審定標準和管理政策；受理工傷申報，負責工傷事故的調查、認定以及醫療管理工作；執行工傷、職業病傷殘等級標準、勞動能力鑒定相關政策和標準；組織對工傷、職工病傷殘等級鑒定和勞動能力鑒定。承擔市勞動能力鑒定委員會的日常工作。
（十四）城鄉居民醫療保險科
負責組織實施全市城鄉居民醫療保險制度，研究提出發展和完善城鄉居民醫療保險的規範性文件；擬訂城鄉居民醫療保險管理制度，並組織實施和監督檢查；協調城鄉居民醫療保險的關系和問題；指導全市城鄉居民醫療保險工作；承擔城鄉居民醫療保險聯席會議的日常工作。
（十五）人事科
負責局機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、黨群、計劃生育和申辦出國（境）等工作；擬訂在職人員培訓計劃並組織實施；編制人力資源和社會保障對外合作與交流規劃並組織實施；綜合管理人力資源和社會保障對外合作與交流項目及涉外業務。
（十六）離退休人員服務科
負責局機關和指導直屬單位的離退休人員服務工作。
（十七）公務員管理辦公室
組織實施公務員分類及職位管理、錄用、考核、獎勵、懲戒、培訓、職務任免與升降、競爭上崗、交流與回避、辭職辭退、申訴控告和聘任制公務員等方面的法律法規；擬訂公務員行為規範、職業道德建設和作風能力建設政策；組織實施和監督檢查事業單位工作人員參照公務員法管理相關工作；組織實施和監督檢查聘任制公務員管理相關工作；指導協調各地、各部門實施公務員法工作，擬訂市人民政府獎勵表彰制度，審核以市人民政府名義進行的獎勵表彰相關事宜；建立公務員申訴控告制度，完善聘任制公務員人事爭議仲裁制度，保障公務員合法權益；承辦市政府任免工作人員有關事宜；辦理市直行政機關公務員及參照公務員法管理單位工作人員錄用、考核、調任、轉任、日常登記和職位設置等工作；綜合管理公務員培訓工作；指導公務員培訓施教機構的認定工作；具體承擔市直行政機關公務員及參照公務員法管理單位工作人員培訓的實施工作；負責市因公出國（境）科級（含）以下幹部的政審工作。