在新壹屆院領導班子的帶領下，醫院十分註重與國內、國際知名醫學院校和醫院的友好交流，不僅與香港中文大學建立了耳鼻喉科合作項目和心理治療中心，與四川大學華西醫院建立了姊妹醫院關系，在南山醫院開設了華西醫院遠程教學和遠程會診中心；而且與美國休斯頓醫學中心建立了合作關系。每年選派技術骨幹和學科帶頭人赴美進修學習，開展學術和科研合作。醫院多次承辦國內、國際大型學術會議，受到廣泛好評。
醫學的發展日新月異，南山醫院的腳步從未停歇，醫院在各級政府的支持下，即將投資6億元新建內科大樓，設計使用面積9萬多平方米，啟用時床位2000張，總使用面積23萬平方米，地下停車位1200個，可以在空間和功能上更好地滿足醫療事業的增長！需求，醫院也將邁上壹個新臺階。
醫院將圍繞 "壹個中心（以病人為中心）"，把握 "兩個基本點（病人滿意、員工滿意）"，依托 "三大要素（服務、技術、人才）"，以創建三級甲等醫院為契機，以創建品牌醫院為動力，力爭進入深圳壹流醫院行列，塑造高效低耗、和諧發展的可持續改進機制，建設技術型、服務型、學習型、創新型的現代化綜合醫院。
歷史：
深圳市南山區人民醫院起源於1946年，前身是寶安縣衛生院，當時條件極差，職工僅20余人。1954年寶安縣衛生院遷往市區（成為深圳市人民醫院），留下部分醫務人員在原址成立了寶安縣衛生院南頭分院，先後更名為南頭公社中心衛生院、南頭地段衛生院、南頭區人民醫院，1992年南山區成立後，更名為南山區人民醫院。
隨著深圳西部的快速發展，南山區人口急劇增加，南山區人民醫院的規模逐步擴大，並開始從全國各地招聘醫護人員。1993年8月，醫院搬遷至現在的門診大樓，兩年後成為首批二級甲等醫院和愛嬰醫院。在各級政府的大力支持下，2003年，按深圳醫療衛生行業最高標準設計的新住院大樓投入使用，2005年南山醫院床位增至1100張，門診量逐年增長，現已發展成為深圳西部最大的綜合性醫院。
醫療：
南山醫院總建築面積9.6萬平方米，編制床位1100張，床位使用率達115%；設有46個臨床科室，15個醫技科室；下轄25個社區衛生服務中心，服務人口150多萬。醫院現有職工 1719 人，其中正高職稱 69 人，副高職稱 245 人。博士後3人，博士33人，碩士133人。
醫院已初步形成了以微創技術、顯微外科技術、各類腔鏡等技術為主要診療手段的服務特色，不僅與香港中文大學建立了耳鼻喉科協作項目和心理治療中心，還與四川大學華西醫院建立了姊妹醫院關系，建立了華西醫院在華南地區的首個遠程會診中心。遠程會診中心的建立，讓****，享受到四川華西醫院的醫療資源，使更多的患者和疑難病例得到權威專家的診治，減少了醫生會診和患者轉院的時間和費用。
為解決群眾日益增長的對醫療技術的更高要求，醫院投資3000多萬購置了雙源CT（這是深圳首臺雙源CT）、西門子SENSATION 4多排螺旋CT、1.5T超導SYMPHONY核磁***振機、DSA、數字化X光機等眾多大型先進設備。依托這些先進設備，我們現在可以開展以下服務：
1.普通放射診斷：各種X線診斷、胃腸鏡檢查、大便造影、各種泌尿系造影、瘺管造影、"T "管造影、ERCP；
2、CT：各種常規CT檢查、CT高分辨掃描、動態掃描、組織器官掃描。掃描、動態掃描、組織器官三維重建、CT血管造影、模擬內鏡檢查、CT灌註成像、心臟冠狀動脈造影及鈣化評分分析、肺功能分析、骨密度分析 CT透視下各種穿刺檢查；
3、MRI：各種常規 MR 成像、器官彌散及灌註成像、MR 血管造影、動態成像、心臟攝片及心功能分析、擬腦功能成像。
4、DSA介入室：各種血管造影、腫瘤化療及取栓、各種血管內溶栓治療、消化道出血、四肢血管破裂取栓治療。
醫院特別註重學科建設，經過十余年的努力，培養了壹批高水平的學科帶頭人和醫療骨幹。疼痛科被認定為深圳市重點專科，多項微創介入治療技術達到國內先進水平，部分達到國際先進水平；另有5個科室被認定為南山區重點專科和區扶持專科。
部分重點科室
疼痛科是深圳市重點專科，創建於1990年，1997年成立廣東省首家疼痛診療中心，99年成為北京大學醫學部中法疼痛診療中心深圳臨床基地，2001年被命名為："深圳市衛生局重點專科 2001 年被評為 "深圳市衛生局重點專科"。目前，其規模和診療水平在廣東省乃至全國具有較高的知名度。開展的射頻技術、椎間盤射頻熱凝技術、脊髓電刺激技術、嗎啡泵永久植入術在全國處於領先地位，形成了以微創治療為特色的疼痛治療體系。
心血管內科是南山區重點學科，擁有優質病房30間，CCU床位10張，共40張床位。
科室擁有先進的醫療設備，能開展冠狀動脈造影、PTCA、冠脈內支架置入術、心臟電生理、射頻消融、永久和臨時起搏、床旁動靜脈導管檢查和測壓等。
消化內科是南山區重點專科，擁有壹批專業基礎紮實、臨床經驗豐富的高素質骨幹。對消化系統各種疾病的診治具有較高水平。消化內科下設胃腸動力室、消化疾病實驗室、電子內鏡室。
急診科成立於1993年，擁有設備齊全的獨立搶救室和條件良好的觀察病房，每天可容納200余名各科病人進行搶救、觀察和診治。心肺復蘇成功率居全市同行前列，是深圳市規模最大的急診科之壹。我院急診工作量、急診半徑、急診技術水平、搶救成功率均居全市前列，已成為深圳市急診醫學的重要骨幹力量。
ICU是南山區重點科室。擁有壹支素質優良、技術過硬、經驗豐富、配合默契的醫護隊伍，同時擁有壹大批國際、國內先進的ICU專用醫療監護設備和儀器。治療成功率居全市前列。
傳染科是特區西部唯壹的傳染病專科，擁有40張住院床位、腸道門診和肝炎專科門診。開展了肝穿刺、人工肝支持治療等項目，對各種類型的病毒性肝炎、肝硬化及各種原因（酒精性肝病、藥物性肝損害、血吸蟲病、肝吸蟲病等）引起的肝損害的診治有豐富的臨床經驗，特別是對重癥肝炎的早期治療，重癥肝炎的搶救治療成功率達60%以上，達到國內先進水平。
康復醫學科開放床位24張，設有運動治療室、作業治療室、言語認知治療室、針灸治療室、日常生活能力訓練室、假肢矯形器制作室等6個獨立的治療室。訓練室占地近 300 平方米。可收治各類腦卒中、腦外傷、腦癱、截癱等神經系統損傷、骨折、手外傷等患者從急性穩定期到恢復期不同時期的康復治療。是南山區殘疾人康復指導中心。
骨科成立於1993年，下設三個獨立的科室：骨壹科（以四肢、關節病、創傷為主）、骨二科（以脊柱為主）、手足顯微外科，是深圳西部地區歷史最悠久、技術力量最雄厚、門類最齊全的骨科診療中心。已開展全部三甲手術項目。
婦產科門診開設婦科、產科、少女科、更年期科、乳腺病科、婚前醫學檢查科、圍產保健科、"孕婦大學 "等科室。門診由婦科診療技術經驗豐富的主治醫師和專家坐診，診治婦女常見病、多發病、產科疑難雜癥和疑難病癥。
腎內科成立於1994年，現有床位30張，血液透析床位14張，是深圳市第二大血液凈化中心。開展的臨床工作包括急慢性腎小球疾病、繼發性腎小球疾病、急慢性泌尿系感染的診治、急慢性腎功能衰竭的診治、同種異體腎移植的免疫抑制治療、風濕性疾病的診治等。
教學：
廣東省深圳市南山區人民醫院是廣東省臨床住院醫師規範化培訓基地，已通過廣東省教學醫院評審，是廣東醫學院、廣州醫學院、南方醫科大學、南昌大學醫學院、湖南中醫藥大學、北華大學等多所醫學院校的教學實習醫院。2003年底，南山醫院成為廣東醫學院碩士研究生聯合培養基地，2004年7月通過廣東省衛生廳、高教廳非直屬附屬醫院認定，成為廣東醫學院非直屬附屬醫院。
目前醫院已接收來自廣東醫學院、廣州醫學院、南昌大學醫學院、湖南中醫藥大學、嘉應大學醫學院等高等院校的實習生，包括臨床醫學、醫學影像、護理、中醫、藥學、麻醉、眼科等多個專業和層次的實習生，每年達160多人次。我院還承擔著廣東醫學院高年級學生的主要課程和見習任務。近三年來，我院除承擔本科臨床教學任務外，還開展研究生教學工作。我院有湖南中醫學院研究生導師2名，2003年11月與廣東醫學院簽訂了研究生聯合培養協議，有碩士生導師20名，現已招收疼痛科、呼吸內科、消化內科、康復科、婦產科、免疫科、微生物科等專業的研究生50名，已畢業研究生28名。已有 28 名碩士研究生畢業。
醫學發展日新月異，醫學知識也在不斷更新，南山醫院十分重視在職醫務人員的繼續教育，在政府的大力支持下，每年都有相當數量的醫生獲得出國學習進修的機會，使部分學科能及時跟蹤國際最新診療技術，與國際接軌。2008年，南山醫院與美國休斯頓醫學中心、紐約大學建立了醫療合作框架，每年選派技術骨幹和學科帶頭人赴美進修學習。2008年，南山醫院與美國休斯敦醫學中心、紐約大學建立了醫療合作框架，每年選派技術骨幹和學科帶頭人赴美進修學習，開展學術和科研合作。
科研：
科研的發展與醫療水平的提高相輔相成、相互促進。南山醫院特別註重科研的發展，確立了以醫療為基礎，以科研為動力的發展思路。先後投入大量資金建設中心實驗室、生化檢測實驗室、疼痛實驗室、耳鼻喉科實驗室等先進實驗室，擁有免疫學檢測儀器、基因擴增分析設備、細胞培養設備、蛋白質分析儀等高精尖設備，可以開展如外周血單個核細胞分離、間接免疫熒光分可開展外周血單個核細胞分離技術、間接免疫熒光技術、酶聯免疫吸附技術、基因擴增與分析、單克隆抗體培養、PCR 技術等多項基礎研究。至今已承擔國家、省、市、區等各級各類項目近200項，科研水平和實力已進入深圳市醫學科學領域的先進水平。
醫院規劃
醫院將圍繞 "壹個中心（以病人為中心）"，把握 "兩個基本點（病人滿意、員工滿意）"，依托 "三大要素（服務、技術、人才）"。服務、技術、人才）"，以創建三甲醫院為契機，以創建品牌醫院為動力，力爭進入深圳市壹流醫院行列，塑造高效低耗、和諧發展的持續改進機制，建設技術型、服務型、學習型、創新型的現代化綜合醫院。
醫院願景
做壹個受人尊敬的醫療機構--把每壹位病人都當成自己的親人--職工的親生母親住院不用特殊照顧