1、交定額稅，比如每月交1000元稅，或者500元稅，這要看店大店小，各地控制的標準不壹樣，而且它的制定也是根據藥店月平均收入制定的，類似於包幹制、收入多的也不多交，少的也不少交，按年核定，有利於稅務核算，個體藥店基本上都采用這種計稅方式，所以很難說3000張發票應該交多少稅，但收入是不定的，但壹般說也是多少稅。個體藥店基本上都采用這種計稅方式，所以不好說開3000元的發票應該交多少稅，因為每個月的稅額是固定的，但收入是不固定的，但壹般說來也就在2%到6%之間
2、按照收入和應稅稅率計算，國稅稅率為百分之四，再加上壹點地稅，合計算下來在百分之五左右，所以，在這種情況下，開3000元的發票應該交150元左右的稅。
很多大型零售藥店都是壹般納稅人。壹般納稅人進項抵扣百分之十七，銷項稅額也是百分之十七，應納稅額就是增值額部分，稅額就是增值額部分的百分之十七。因此，增值額越大，毛利潤越大，稅額也就越大，反之亦然。因此，應納稅額也是不固定的，只有在藥店核算時才能知道。壹般來說，應繳稅率也在 3% 到 7% 之間。
稅率是納稅人應納稅額與征稅對象數額的比值，是計算應納稅額的法定尺度。稅率的高低直接關系到國家財政收入的多少和納稅人的負擔，反映了國家對納稅人征稅的深淺，是稅收制度的核心內容。
比例稅率，即對同壹征稅對象，不論征稅數額大小，均采取相同比例的稅率征稅，壹般適用於流轉稅等征稅對象。比例稅率的特點是征收效率高，但稅率具有累退性，不符合公平原則的要求。
比例稅率在具體應用上有單壹比例稅率、幅度比例稅率之分，差別比例稅率又分為產品差別比例稅率、行業差別比例稅率、地區差別比例稅率等形式。
法律依據："中華人民****、國家稅收征收管理法》第三條 稅種的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照本法授權國務院規定執行，依照國務院制定的行政法規的規定執行。任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅等與稅收法律、行政法規相抵觸的決定。