聯合使用抗厭氧菌藥物和需氧菌藥物是非常必要的。由於不同地區、不同醫院厭氧菌的耐藥譜不同，在經驗用藥時應根據本地區、本實驗室的藥敏譜選擇藥物。因此，為了提高抗生素的療效，減少抗生素的毒副作用，最好根據藥敏試驗選擇藥物治療。
（1）抗厭氧菌藥物以硝基咪唑類為主，包括甲硝唑、替硝唑等。由於價格便宜，副作用小，不易產生細菌耐藥性，所以應用廣泛，其中甲硝唑應用最多。治療厭氧菌感染，必須選用對需氧菌和厭氧菌敏感的藥物，上述藥物壹般與頭孢菌素類合用，以提高療效。
甲硝唑對耐克林黴素的脆弱擬桿菌有效，可避免克林黴素相關性假膜性結腸炎，臨床上未見該藥潛在致突變作用的後果，頭孢西丁和頭孢替坦對厭氧菌有廣泛的抗菌作用。在體外試驗中，甲硝唑、亞胺培南、美羅培南和β-內酰胺/β-內酰胺酶的組合均顯示出最佳的抗菌效果。除甲硝唑外，所有這些藥物都可以單獨使用，因為它們也具有良好的抗厭氧菌活性。抗厭氧菌藥物的副作用主要是胃腸道反應，如惡心、嘔吐、頭痛和頭暈。
（2）其他抗生素如青黴素、氯黴素、克林黴素、頭孢菌素、泰諾等也有抗厭氧菌作用。但這類藥物抗菌譜較廣，容易導致菌群失調、黴菌感染等。
2.引流手術
（1）深部厭氧菌感染的治療應包括引流膿液和手術切除失活組織。抗生素配合手術有助於控制菌血癥，減少繼發性或移行性敗血癥並發癥，防止手術部位周圍的局部感染擴散。
（2）混合感染 某些菌株對抗生素有耐藥性，抗菌治療仍然有效，尤其是在給予充分引流的情況下，處理混合感染中的厭氧菌可以減少傷口中的細菌數量以及形成膿腫的數量。膿腫或器官穿孔等易感染部位必須閉合或引流，失活組織、異物和壞死組織必須清除，膿胸等封閉空腔的感染必須引流，如果可能，應重建供血循環，化膿性血栓性靜脈炎需要結紮靜脈並給予抗菌治療。