《藥物目錄·基層部分》中的藥品包括化學藥品和生物制品、中成藥、中藥飲片3部分。
目錄後附有索引。化學藥品和生物制品為中文筆畫索引、中文拼音索引和英文索引；中成藥為中文筆畫索引、中文拼音索引。二、目錄的編排
除在"備註"壹欄標有"註釋"的藥品外，化學藥品和生物制品、中成藥按藥品品種編號，不同劑型同壹主要化學成分或處方的編壹個號，重復出現時標註"*"號；藥品編號的先後次序無特別的涵義。三、目錄的分類
化學藥品和生物制品主要依據臨床藥理學分類，***205個品種；中成藥主要依據功能分類，***102個品種；中藥飲片不列具體品種，用文字表述。四、目錄中品種的名稱
除在"備註"壹欄標有"註釋"的藥品外，化學藥品和生物制品名稱采用中文通用名稱和英文國際非專利藥名稱（International Nonproprietary Names，INN）中表達的化學成分的部分，劑型單列。主要化學成分部分與《藥物目錄·基層部分》中的名稱壹致且劑型相同，而不同酸根或不同鹽基的化學藥品，均屬於《藥物目錄·基層部分》的藥品；中成藥采用藥品通用名稱。五、目錄中品種的劑型
化學藥品和生物制品劑型在《中華人民***和國藥典》（2005年版）"制劑通則"規定的基礎上進行歸類處理，未歸類的劑型以《藥物目錄·基層部分》標註的為準。
化學藥品和生物制品中的口服常釋劑型包括口服普通片劑、腸溶片、分散片，硬膠囊、腸溶膠囊、軟膠囊（膠丸）；口服緩釋劑型包括緩釋片、控釋片，緩釋膠囊、控釋膠囊；外用軟膏劑型包括軟膏劑、乳膏劑；註射劑包括註射液、註射用無菌粉末、註射用濃溶液。劑型編排的先後次序無特別的涵義。
中成藥的劑型不單列，以"藥品名稱"欄中標註的為準。六、對備註欄中"註釋"的說明
（壹）化學藥品和生物制品
註釋1：目錄第9號"頭孢呋辛"包括頭孢呋辛酯。
註釋2：目錄第33號"抗艾滋病用藥"是指國家免費治療艾滋病的藥品。
註釋3：目錄第36號"青蒿素類藥物" 是指衛生部辦公廳印發的《抗瘧藥使用原則和用藥方案（修訂稿）》中所列的以青蒿素類藥物為基礎的復方制劑、聯合用藥的藥物和青蒿素類藥物註射劑。
註釋4：目錄第146號"胰島素"是指動物源胰島素，包括短效、中效、長效及預混胰島素。
註釋5：目錄第185號"抗蛇毒血清"包括抗蝮蛇毒血清、抗五步蛇毒血清、抗銀環蛇毒血清、抗眼鏡蛇毒血清。
註釋6：目錄第186號"國家免疫規劃用疫苗"是指納入國家免疫規劃的疫苗。
註釋7：目錄第188號"硫酸鋇"包括Ⅰ型、Ⅱ型。
註釋8：目錄第205號"避孕藥"是指納入中華人民***和國人口和計劃生育委員會印發的《計劃生育避孕藥具政府采購目錄》中的避孕藥。
（二）中成藥
註釋1、註釋2、註釋6：目錄第12號"牛黃解毒丸（膠囊、軟膠囊、片）"、第13號"牛黃上清丸（膠囊、片）"、第100號"頸舒顆粒"處方中的"牛黃"為人工牛黃。
註釋3：目錄第29號"安宮牛黃丸"處方中的"麝香"為人工麝香，"牛黃"為天然牛黃、體內培植牛黃或體外培育牛黃。
註釋4、註釋5：目錄第50號"麝香保心丸"、第75號"馬應龍麝香痔瘡膏"處方中"麝香"為人工麝香，"牛黃"為人工牛黃。七、關於中藥飲片
中藥飲片的國家標準是指《中華人民***和國藥典》、衛生部部頒標準和國家食品藥品監督管理局局頒標準收載的藥材及飲片標準。中藥飲片的基本藥物管理暫按國務院有關部門關於中藥飲片定價、采購、配送、使用和基本醫療保險給付等政策規定執行。