中藥材GAP規範化生產應根據不同種類藥材的生長發育要求，制定生產技術標準操作規程（SOP）；肥料的施用應根據植物的生長發育的要求，並應考慮藥用器官的增產及有效成分的積累規律，逐步制定與推廣“藥材生產專用肥料”。中藥GAP無公害生產要求藥材商品硝酸鹽含量不超過標準。
目前檢查商品藥材硝酸鹽含量過高，主要原因是氮肥施用量過高，有機肥使用偏少、磷、鉀肥搭配不合理而造成。因此，要使商品藥材硝酸鹽含量不超過無公害中藥的標準，可通過施肥技術來解決。另外，中藥無公害生產中要求肥料使用，必須有足夠數量的有機物質返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。
無公害中藥GAP生產的肥料使用須遵循以下準則：所有有機或無機肥料，尤其是富含氮的肥料，應以對環境和作物（營養、味道、品質和植物抗性）不產生不良後果的方法使用。盡量選用國家生產綠色食品的肥料使用準則中允許使用的肥料種類。可適當有限度地使用部分化學合成肥料，但禁止使用硝態氮肥。使用化肥時必須與有機肥配合施用，有機氮與無機氮之比1∶1為宜，大約廄肥1000千克加尿素20千克（廄肥做基肥、尿素可做基肥和追肥用）。最後壹次追肥必須在收獲前30天進行。化肥也可與有機肥、微生物肥配合施用。其比例，廄肥1000千克，加尿素10千克或磷酸二銨20千克，再加適宜量的微生物肥料。餅肥對中藥的品質有較好的作用，腐熟的餅肥可適當多用。壹般高氮油餅不含有毒物質，作為肥料只需粉碎就能施用。含氮量低的油餅常含有皂素或其他有毒物質，做肥料時需先經發酵，消除毒素。含毒素的油粕有菜籽餅、茶籽餅、桕籽餅、桐籽餅、蓖麻籽餅，柏籽餅、蒼耳籽餅、花椒籽餅和椿樹籽餅等。腐熟的達到無害化要求的沼氣肥水，及腐熟的人、畜糞尿可用做追肥。嚴禁在中藥上澆不腐熟的人糞尿。在無公害中藥GAP生產中，人糞尿必須經貯存、腐熟後才適宜施用。
其主要原因是：壹是新鮮人糞常含有多種寄生蟲（卵）、病菌和病毒，是痢疾、傷寒、病毒性肝炎、蛔蟲病、鉤蟲病和血吸蟲病等多種疾病的主要傳染源，需經過貯存、腐熟後才能施用；二是新鮮人糞尿中的養分大都是有機態的，壹般難以被植物吸收利用，也不易被土壤所保蓄。三是新鮮人糞尿所含鹽分和養分濃度高，常會使局部土壤溶液濃度過高，從而影響出苗或作物生長，故應施腐熟的人糞尿。至於糞尿的合理貯存方式，應符合以下要求：即殺死各種病原物，達到無害化要求；能夠保蓄肥分，減少氨的揮發和防止肥液滲漏；防止蚊蠅孳生繁殖，有利環境衛生。