(1)前尿道結石取出術
如果尿道口附近的結石和位於舟狀窩的小結石不能自行排出，可以註射液體石蠟擠出，也可以用鉗子或鑷子取出。前尿道結石註入液體石蠟後，可用手將結石推到尿道外口，然後用鉗子或鑷子將結石夾出。也可以用探頭往外拉，或者把探頭彎成鉤子，把石頭勾出來。但操作壹定要輕柔，以免對尿道造成嚴重損傷。較大的尿道結石或嵌頓在舟狀窩的，如果上述方法不能奏效，可切開尿道外口，向尿道內註入無菌液體石蠟，然後擠壓夾住取出結石。
(2)前尿道切開取石術
若前尿道結石嵌頓嚴重，無法經尿道口取出，可行前尿道切開取石術。陰莖尿道切開術後有尿瘺的可能，應盡量避免尿道切開取石的方法。此時可將結石推到球部尿道，盡可能在球部尿道處切開取石。
(3)後尿道結石的治療
對於後尿道結石，可采用尿道探頭將結石推回膀胱內，然後在內窺鏡下采用鉗夾碎石、氣壓彈道碎石、激光碎石。體外沖擊波碎石術或恥骨上膀胱切開術也可用於取出結石。如果結石較大且嵌頓，可經會陰或恥骨切開取石。尿道憩室的結石必須同時取出。
尿道梗阻和感染應該壹起治療。
(4)輸尿管鏡取石術
尿道狹窄阻礙結石排出或結石嵌頓嚴重，可先切開狹窄再在尿道鏡窺視下取石。如果結石較大，長時間嵌頓在尿道內，可在內窺鏡下進行氣壓彈道碎石或激光碎石。不能取出者，可通過尿道切開取石。