總的治療原則是①結合；②充足；③全療程(抗酸桿菌轉陰後18 ~ 24個月)；④應盡量選用利福平。1.藥物治療(1)肺部感染？用利福平、乙胺丁醇和鏈黴素或利福平、乙胺丁醇和異煙肼治療鳥分枝桿菌胞內復合體MAIC感染引起的肺炎。堪薩斯分枝桿菌感染可以用異煙肼、利福平、乙胺丁醇治療18個月。如果菌株對其耐藥，可以用利福布丁、阿米卡星、甲氧芐啶治療18個月。到目前為止，沒有可靠的抗生素療法來治愈分枝桿菌膿腫肺病。定期多種藥物治療有助於控制癥狀和肺部疾病的進展。該方案包括大環內酯類聯合壹種或多種靜脈藥物(阿米卡星、頭孢西丁或亞胺培南)或多種胃腸外藥物，如紅黴素(或阿奇黴素或克拉黴素)聯合環丙沙星，持續數月。如果患者患有空洞/纖維結節疾病或嚴重的全身感染，則需要更積極(強化)的治療。推薦的治療方案是三聯用藥，可以考慮為:克拉黴素或阿奇黴素；利福布丁或利福平；乙胺丁醇(2)淋巴結炎？當禽-胞內分枝桿菌復合MAIC引起淋巴結炎時，可選擇三聯藥物:阿奇黴素、利福布丁和阿米卡星。(3)皮膚軟組織感染？海分枝桿菌感染引起的皮膚軟組織感染可用多西環素+磺胺甲惡唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲惡唑)治療。或者利福平+乙胺丁醇。克拉黴素或阿奇黴素單壹療法也可能有效。結合手術清創。如果是分支桿菌潰瘍感染引起的，可采用利福平、阿米卡星或乙胺丁醇、甲氧芐啶進行治療，結合手術清除。意外分枝桿菌感染的感染部位主要通過手術清除。同時使用阿米卡星、頭孢西丁、丙磺舒1個月，也可選用新大環內酯類阿奇黴素、克拉黴素。龜分枝桿菌感染引起的皮下膿腫應使用阿米卡星(或妥布黴素)、阿奇黴素(或克拉黴素)治療，必要時使用亞胺培南。療程壹般為6個月。(4)播散性NTM病？感染人類免疫缺陷病毒(HIV)合並堪薩斯分支桿菌感染所致播散性NTM病的患者，可聯合應用環丙沙星(或左氧氟沙星)、阿米卡星、利福布丁、亞胺培南。或阿奇黴素(或克拉黴素)、利福布丁(或利福噴丁)、氯法齊明、乙胺丁醇。2.手術切除可作為非結核分枝桿菌感染的輔助治療手段，適用於內科治療無效或失敗，以及反復發作的頑固性咯血患者。在NTM淋巴結炎中，應盡可能切除整個淋巴結。如果鼻竇和皮膚病變已經形成，應壹起切除皮膚病變。當NTM感染皮膚和軟組織時，在藥物治療的同時進行皮膚病變的廣泛手術切除。藥物治療NTM肺病效果不佳。如果大量細菌已經排出1年以上，肺腔等病變有限，也可以手術切除。
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