定期檢疫，淘汰陽性雞，建立無病雞:對陽性雞口服或肌肉註射抗菌藥物，定期血清學檢查，淘汰陽性雞。然後將陰性雞分成小組隔離，並繼續用藥物預防。陰性雞下的蛋，孵化前用抗菌藥物浸泡或前期較高溫度孵化，殺死蛋中可能存在的支原體。孵化出的小雞分組飼養，藥物預防，每月血清學檢查壹次，淘汰陽性雞，保留陰性雞。經過1 ~ 2代這樣嚴格的處理，可以建立無慢性呼吸道疾病的雞群。
加強飼養管理，降低發病率:目前在我國農村建立無慢性呼吸道疾病雞群仍有壹定難度。主要依靠改善飼養管理，降低飼養密度，保持雞舍通風良好，適當補充多種維生素。
常規藥物預防:雞毒支原體對呋喃唑酮、土黴素、金黴素、四環素、卡那黴素、慶大黴素、紅黴素、螺旋黴素、新黴素、多西環素、林可黴素、泰樂菌素、黴酚酸酯敏感，但易產生耐藥菌株。長期使用某種藥物後，往往效果很小或沒有效果。
免疫:目前國內外有雞毒支原體油乳劑滅活疫苗用於雞的慢性呼吸道疾病。可用於免疫種雞，15 ~ 30日齡肌肉註射0.2~0.25ml，開始前肌肉註射0.5ml，使雛雞早期免於感染。
用於預防雞傳染病的疫苗應為非特異性病原微生物疫苗:不含規定的15 ~ 18病原微生物，包括支原體。據權威部門研究結果，我國無特定病原微生物的雞胚弱毒疫苗中雞毒支原體汙染嚴重，每毫升添加1000微克鏈黴素不能保證抑制支原體的目的。
用過氧乙酸等消毒劑對雞舍進行噴霧消毒，平時每天壹次，發病時每天兩次。
種蛋熱處理:帶菌的種蛋經過熱處理可以殺死支原體。雞毒支原體耐熱能力低，45℃1小時或50℃20分鐘即可致死。
(2)治療。對病雞進行藥物治療，可能不能完全將支原體從體內殺死，但可以緩解臨床癥狀，提高產蛋量。更重要的是可以降低病原體的傳蛋率，提高後代雞的品質。
適合拌料的藥物及用量為:金黴素0.02% ~ 0.06%，四環素0.02% ~ 0.06%，土黴素0.02% ~ 0.08%，紅黴素0.01% ~ 0.02%。對於性未成熟的雞，如果混合服用金黴素或土黴素，添加1.2%硫酸鈉和0.4%對苯二甲酸可明顯提高藥效。
適合飲水的藥物及其用量:多西環素0.005% ~ 0.01%，泰樂菌素0.02% ~ 0.05%，泰樂菌素0.01 ~ 0.02%。
適合肌肉註射的藥物及其劑量:鏈黴素100 mg/kg體重、林可黴素50 mg/kg體重、大觀黴素50 ~ 100 mg/kg體重、慶大黴素3 mg/kg體重。
為了保證藥物的治療效果，防止或減緩耐藥菌株的形成，應註意以下幾點:
①劑量要充足。②療程不宜過短。壹般情況下，藥物應連續使用至少3 ~ 7天。③不要在同壹羊群中長期使用單壹藥物，最好是幾種藥物聯合使用。