北京突然爆發了壹場瘟疫，造成了大量的人員傷亡。程存夏帶領醫生們抗擊瘟疫，但由於王國公和曹吉祥的自私自利，瘟疫迅速蔓延。齊玉生害怕染上瘟疫，和家人逃到湖中央的壹個小島上。祁雨派人去接雲仙，王梅林暗中賄賂下人把船沈了，淹死了雲仙。幸好雲仙及時發現，逃出了皇宮。雲仙在宮外和程存霞壹起治療人瘟疫，發現這種奇怪的瘟疫和蒙醫提到的壹種黑死病很像，於是按照蒙醫教授給她的方法給病人治療。關鍵時刻，英宗也跑出來幫助雲仙壹起抗擊瘟疫。雲仙的方法奏效了，原本混亂的局面得到了控制，英宗和雲仙受到了百姓和大臣們的愛戴。齊豫在抗擊瘟疫的過程中得知雲仙和英宗關系密切，想囚禁英宗。雲仙奮力阻止他們，突然感到身體不適。程存霞檢查後發現雲仙懷孕了。
第48集雲仙懷了祁雨的孩子
齊豫對這個孩子感到非常驚訝。當被問及雲仙這次險些喪命時，他答應徹查，包括皇後本人。王美林嫉妒得不得了，王國公勸她冷靜下來，及時再殺。他們把雲仙落水的案子栽贓給小太監，說是太後指使的。允賢不信，但也無可奈何。瘟疫壹平定，瓦拉就給聯盟派了壹個任務，不可預知。齊豫說她病了，不想去。英宗提出要去同盟會。齊豫心裏很慚愧，覺得自己真的比不上哥哥。雲仙的胎兒形象穩定，但她想去禦藥房，卻被吳攔住，打了她壹巴掌，禁止她離開萬安宮。祁雨希望她聽，雲仙很失望。為了傷害雲仙，王梅林琢磨著不會引起別人懷疑的投毒方法，最後發現鉆石粉是個好東西，連程存霞都無法確診。沒想到，摻了鉆石粉的甜品被奇遇誤拿走了。
第49集雲仙被立為皇後。
琦玉答應雲仙不會換皇太子，也承認了自己過去的錯誤。英宗歸來，祁玉潭誠心迎接，還親自把喜訊告訴了錢皇後。沒想到，他突然吐出壹大口血。程存霞給齊豫開了藥，卻始終不見好轉。萬寧覺得有些奇怪，像是急腹癥。程存霞有壹種不祥的預感。他問皇後，王美林絕望地猜測，琦玉應該是誤服了自己的毒藥，傷心的時候。雲仙照顧了齊豫，卻也被吳罵了壹頓。她質問程存霞，終於得知真相。王美林跪下來求雲仙幫忙，後悔自己的錯誤。齊豫聽了大怒。他廢除了王梅林的皇後地位，立雲仙為皇後。雲仙帶領醫女找到了溶解鉆石粉的方法，最後找到了香油的辦法，緩解了齊豫的病情。劉萍安到達後，她批準了這壹待遇。祁雨正式把國家大事托付給英宗，並真心向他坦白了自己的錯誤，兄弟倆和好如初。雲仙原諒了祁雨，繼續陪著他。
第50集祁雨在除夕夜病逝
武則天幾次找到祁雨大鬧。齊豫受不了母親的刺激。她在除夕夜突然生病，意外死亡。武則天認定雲仙醫術不行，殺了兒子，要求雲仙為祁雨下葬。英宗為了救雲仙，不得不夜間入宮，在支持他的大臣們的幫助下當上了皇帝，人祭制度從此被廢除。雲仙逃過了殉難的命運，卻意外失去了腹中的孩子。得知英宗登基後，她悄悄離開皇宮，跟著戲班遠走高飛。英宗在政治上下大力氣，推行宮中女博士制度。十年後，他調任皇太子，私訪，終於又找到了雲仙。因為雲仙和英宗的行動，很多民間女子開始行醫，大眾也逐漸接受了女子行醫的事實，大大提高了女子的壽命。