醫院現有11臨床壹級科室，包括內科、外科、婦科、兒科、口腔、皮膚、肛腸、骨傷、康復科、眼科、耳鼻喉科。設有心血管內科、呼吸內科、消化內科、普外科、胸外科、顱外外科、泌尿外科、骨科等9個臨床二級專業群。肝病、脾胃病、糖尿病、風濕病、腎病、疼痛病、甲狀腺病、白內障、心腦血管病、不孕癥等中醫特色診室10個。住院部設有內科、外科、婦產科、康復科四個病房；設有放射科、檢驗科、功能檢驗科等三個醫務科，手術室、消毒供應室、藥劑科、預防保健科、基層指導科、病案統計室、圖書館等科室。
內科和兒科設有心腦血管內科、呼吸內科、消化內科和兒科等專業組。對糖尿病、高血壓、腦血管意外後遺癥、冠心病、慢性腎炎、心肌病、乙肝有顯著療效，中醫特色診室有忠縣名老中醫3名，對慢性病、病毒性疾病、免疫性疾病、肝病、脾胃病、風濕、胸痹心痛、肺腎疾病、腰腿痛等有突出療效。
外科有普通外科、顱外外科、胸外科、泌尿外科和骨科等專業組。普外科專科可開展直腸癌、乳腺癌根治術、胰十二指腸切除術等大中型手術。，改進手術方法和提高手術質量，開展無張力疝修補術和小切口膽囊切除術；可在顱外專科開展顱內血腫清除、顱內腫瘤切除等手術，填補了我院外科的空白；胸外專科可進行肺、食管腫瘤切除，手術效果好；泌尿外科引進前列腺汽化電切術成套設備，開展前列腺汽化電切術，患者痛苦小，深受患者歡迎。骨科專業對四肢骨折采用中藥復位小夾板固定，不僅痛苦小，療程短，而且價格低廉。在梁平、墊江、石柱等周邊縣享有較高聲譽。可開展全髖關節置換、腰椎間盤切除、斷肢再植、髖臼及骨盆骨折、前後脊柱、重建鋼板及解剖鋼板等手術，其中重建鋼板及解剖鋼板、分叉髓內釘、交鎖髓內釘在長骨骨折治療中的應用代表了我縣骨科領域的先進水平。
康復科對腦癱、偏癱、截癱、腰椎間盤突出、頸腰椎骨質增生有顯著療效。率先推出小針刀、銀質針治療腰椎間盤突出、頸腰椎骨質增生、肌腱炎、滑囊炎、肌肉韌帶累積損傷、術後後遺癥等各種慢性疼痛疾病。，特別是用針刀治療股骨頭無菌性缺血性壞死，填補了我縣的醫療空白。
急診科設有搶救室、治療室、觀察室，五張床位，急救電話(54243120)。中毒、溺水、中風、冠心病、休克、昏迷、心力衰竭、呼吸衰竭等急危重癥，中西醫結合治療，搶救成功率達90%以上。醫院管理制度完善，綠色通道暢通，急診科24小時有人值班。婦產科可以進行剖宮產、全子宮切除術、卵巢切除術等手術。
醫院科研項目和學術水平發展迅速，每年在國家級刊物上發表學術論文20余篇。經尿道前列腺汽化術治療良性前列腺增生和膀胱頸纖維化獲2005年忠縣科技進步二等獎；食道心房調搏心臟電生理的觀察與研究，針刀治療慢性軟組織疼痛的臨床應用，溫銀針治療慢性頸肩腰腿痛獲2006年忠縣科技二等獎。
醫院先後獲得縣級最佳文明單位、優秀綜治單位、愛國衛生紅旗單位、計劃生育流動人口先進單位、忠縣價格誠信先進單位、院務公開先進單位、先進基層黨組織、“四好”領導小組、重慶市巾幗文明示範崗等榮譽。2005年被創建為國家二級甲等中醫醫院、重慶市中醫醫療機構“放心藥房”和“標準急診科”。
2006年，我院被市衛生局列為重慶市中醫示範醫院和特色建設單位。我院將以新的姿態、新的精神、新的面貌，挖掘中醫藥潛力，發揮獨特優勢，更好地服務全縣人民健康需求，開創忠縣中醫藥事業新局面。