偏偏就在這個節骨眼上，他最寵愛的小兒子曹沖大病去世了。曹操悲傷地說:“唉，如果華佗還在，這孩子怎麽會早就去世了呢？”。華佗是東漢末年傑出的醫學家，有“神醫”之稱。華佗非常努力地學醫。他認真研讀《內經》、《神農本草》等古代醫學經典，深入民間醫學，精通內科、婦科、兒科、針灸等學科，尤以外科見長。
他研制了壹種藥物——麻沸散，可以麻醉全身，減輕病人手術時的痛苦。有壹次，華佗在外出行醫的半路上遇到壹個年輕人。他壹手推著車，壹手捂著肚子。他步履蹣跚，臉色蠟黃，呼吸急促。華佗壹次走兩步。蹣跚的年輕人上前扶住他，關切地問他怎麽了。那人痛苦地從喉嚨裏擠出幾個字:“肚子痛得真難受。”
華佗立即診治，斷定他得了腸癰，也就是闌尾炎，立即做了手術。他讓病人喝了壹碗麻沸散，很快小夥子就被麻醉了。華佗用刀切開病人腹部，切掉潰爛的腸子，清洗腹腔，縫合，塗上消炎生肌膏。幾天後，病人的傷口很快愈合了。華佗善於區分不同的病情，對癥下藥。有壹次，兩個軍官都生病了，病情完全壹樣，都是發燒頭痛。都是來華佗治療的。華佗診治後，開出了兩個完全不同的藥方:壹個是瀉藥，壹個是止汗藥。還有人覺得很奇怪，問華佗:“為什麽同樣的病情卻用藥不同？”？華佗回答說:“從表面上看，這兩個人的癥狀完全壹樣，只是發病的原因不同。壹個人有點感冒，只要喝點藥，出點汗，就會好的。對方的病，只能吃他體內的瀉藥才能治好。”果然，兩位軍官回去喝了藥後不久就好了。華佗還模仿虎、鹿、熊、猿、鳥等五種動物的動作和姿勢，創造了壹套名為“五禽戲”的體操，可以增強體質，預防疾病。據說他的弟子堅持做“五禽戲”，到了90歲，依然機警機警，牙齒緊咬，身體強壯。華佗高超的醫術和高尚的醫德受到人民的尊重和朝廷的賞識。有識之士多次推薦他做官，他都拒絕了。曹操早年患頭風病，後來隨著年齡增長，發作越來越厲害。每次發作都心慌頭暈，頭痛難忍。曹操請了很多名醫來看他，但沒有壹個能治好。後來曹操聽說華佗的醫術很高明，就派人請華佗來。他仔細檢查後，取出隨身攜帶的銀針，紮在曹操胸椎的穴位上。神奇的事情出現了。還在冒汗尖叫的曹操頓時覺得頭腦清醒，眼睛壹亮，疼痛止住了。曹操非常高興。經過幾次治療，他提出華佗留在身邊，對他特殊對待。華佗始終以救治病人為己任。在他眼裏，只有病人不屬於高官和窮人。他的心裏裝著很多生病沒錢治療的人。他根本就不想壹直看到曹操。他離開曹操，以妻子病重需要他回去治療為借口，回到家鄉。曹操派人催華佗趕快回來，華佗不肯回來。曹操惱羞成怒，絕不容忍任何人違背自己的意願。華佗始終以救治病人為己任。在他眼裏，只有病人不屬於高官和窮人。他的心裏裝著很多生病沒錢治療的人。他根本就不想壹直看到曹操。他離開曹操，以妻子病重需要他回去治療為借口，回到家鄉。曹操派人催華佗趕快回來，華佗不肯回來。曹操惱羞成怒，絕不容忍任何人違背自己的意願。於是派人護送華佗回去，折磨他，逼他就範。華佗面對曹操的囂張跋扈不屈，曹操大怒，下令處死。這時，壹個謀士勸曹操說:“華佗的醫術舉世罕見，他的生死關系到天下許多人的性命。請原諒華佗。”但是曹操壹意孤行，根本聽不到任何意見。他仍然下令將華佗處死在獄中。華佗臨死前仍不忘為民治病，將寫好的醫書《清囊經》交給獄卒保管，但獄卒怕受牽連，不敢收下。在極度的悲痛和憤慨中，華佗不得不把醫書扔進火中，化為灰燼。後來曹操多次患頭風病，但仍對自己處決華佗毫無悔意。直到心愛的兒子曹沖去世，他才後悔並自責自己錯殺了華佗。