只有少數強直性脊柱炎患者會繼續進展，導致嚴重的脊柱強直和髖關節畸形。這類患者主要以兒童期發病、持續性血沈、C反應蛋白升高為主。同時並發周圍關節受累和虹膜睫狀體炎。這些都是患者預後不良的主要因素。
還有壹些強直性脊柱炎患者，後期出現關節畸形，主要是因為早期沒有規範的藥物治療。患者只吃了止痛藥或壹些偏方，沒有用抗風濕藥物改變病情。所以導致了關節畸形的發生。強直性脊柱炎壹般不會影響患者的壽命，所以患者只要配合醫生進行規範治療，預後會更好。