對於細菌感染引起的毛囊炎，可使用抗菌溶液，如克林黴素甲硝唑溶液、夫西地酸等。如果頭皮有馬拉色菌引起的毛囊炎，可以口服伊曲康唑控制細菌繁殖，但不太可能完全根部雕出的；如果毛囊炎復發，就要檢查是否有貧血、糖尿病等。體質太弱也會導致細菌的繁殖。
毛囊炎是由毛囊本身的金黃色葡萄球菌感染和白色葡萄球菌感染引起的毛囊炎，當然，壹些病例是由馬拉色菌屬的真菌感染引起的。所以這個根治難度很大。治療壹般根據是細菌感染還是真菌感染，給予抗菌藥物和抗真菌口服藥物。同時外用，如果是因為細菌感染，要用百多邦和阿達韋。如果藥膏是真菌感染，要用壹些抗真菌的藥膏如達克寧、金達克寧、李歡等，但同時要註意不要過度沖洗，不要太臟，局部保持幹燥，提高抵抗力，飲食清淡。