腱鞘囊腫是長期反復勞損造成的。對於腱鞘囊腫患者，目前治療腱鞘囊腫的方法有很多。擠壓常見的治療方法是通過擠壓或敲打使腱鞘囊腫破裂，逐漸自行吸收，但治療後容易復發和感染，而與關節腔相通的則不易破裂。或穿刺抽取囊液，再註射醋酸曲安奈德或腎上腺皮質激素，有壹定療效。
在中醫裏，腱鞘囊腫也叫聚筋或腱瘤，所以治療腱鞘囊腫最有效的是活血化瘀的藥物。腱囊膏是壹種中藥外用膏藥，對腱鞘囊腫有很好的療效。
其他方法包括手術切除腱鞘囊腫，但也容易復發和感染。術後應註意消毒和防護，避免患側關節劇烈活動。