第二步。用限制性內切酶將這些DNA切割成許多隨機片段(圖為“隨機片段庫”)。
第三步。這些有突變的片段是PCR擴增的引物和模板，所以這些突變會累積在後代DNA上。
註意:這壹步會把突變轉移到後代DNA中，所以在壹些後代DNA中會積累很多有利的突變，有利於蛋白質性能的提高。
第四步。篩選出突變更有利的子代DNA(圖中表示為“陽性突變重組體”)，去除突變更不利的子代DNA。
第五步。重復以上步驟2~3次，可以得到更好的效果。