治療是控制畜禽疾病的重要措施，是消除傳染源的方法之壹，是綜合防控措施的組成部分，是減少經濟損失的重要環節。畜禽發生疾病時，應將患病畜禽與健康畜禽種群隔離，單獨飼養。其次是場地、筆、用具等。應采用機械消毒和噴霧消毒，汙水應采用窖池發酵消毒，汙水應采用沼氣池發酵消毒。第三科學治療，如果是病毒性傳染病(重大動物疾病除外)，可以用高免疫血清、抗病毒中藥、西藥、提高免疫力的藥物治療，同時要用抗生素對抗繼發感染；如果是細菌感染性疾病，要區分革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌，在此基礎上選擇抗革蘭氏陽性菌的藥物或抗革蘭氏陰性菌的藥物；如果是寄生蟲病，除對重病畜禽個體進行治療性驅蟲外，還應對畜禽群體進行預防性驅蟲；如果是外科疾病，內科疾病，產科疾病，就要對癥治療。第四，當利用臨床癥狀、解剖變化和流行病學特征難以作出診斷結論時，可收集病變材料送實驗室診斷。五是應急免疫，病毒性傳染病和細菌性傳染病的群體應急免疫應選擇有效合法的疫苗。
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