符合內鏡治療指征的息肉可在內鏡下切除，切除的標本會送病理檢查。
2.外科療法
息肉往往是惡性的或不符合內鏡治療的指征；或內鏡切除後殘留病變或癌變的病理發現。
3.藥物療法
(1)對癥治療如有出血，止血，根據出血量處理。
(2)由潰瘍性結腸炎引起炎性息肉的病因治療參見潰瘍性結腸炎的治療。
(3)家族性腺瘤性息肉病的防治(FAP)患者可服用塞來昔布以減少腺瘤性結直腸息肉的數量，每日兩次，隨食物服用。