1，全身治療:聚肌胞、板藍根肌註或口服左旋咪唑、烏洛托品等。(傳統的肌內註射聚肌細胞針要堅持壹個相當緩慢漫長的治療過程，長達數年，不能中斷，但實際效果並不理想，很多患者往往堅持不下來，半途而廢)。
2.局部治療:液氮冷凍或激光治療(這是用高科技物理去除的)，外用鴉膽子、疣赤治、曲華靈等。(這是用高科技化學去除的，俗稱“燒”)。(局部治療可以很快去除，但很快會反彈復發，因為扁平疣是體內的病毒引起的，復發後會產生越來越多的頑固的扁平疣。)