預防和治療真菌性食管炎應結合起來，保護皮膚清潔幹燥，這是預防外源性感染引起真菌性食管炎的重要措施。去除各種誘因，不斷提高身體抵抗力，防止慢性病患者得病，更有意義。
1.排除患者機體產生抵抗力的原因等治療因素，主要是菌群失調和沈積菌感染造成的。
2.增加身體抵抗力，高蛋白營養飲食。
3.西藥主要使用抗生素，如制黴菌素、兩性黴素B、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑。
4.出現狹窄、穿孔等並發癥時可給予手術治療。
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