1，建立完善的過濾系統，消除氨和硝酸鹽。包括加強物理過濾，盡量過濾掉食物和糞便，定期洗棉，可以減少有機物被細菌分解成氨和磷酸鹽的機會。
2、減少或降低有機物的來源。包括降低魚類的投餵密度，減少投餵。經常換水。
3、照明要適當。小球藻會進行很強的光合作用，在強光下快速生長。另外，如果光照時間過長，肯定會爆發綠水。尤其是如果魚塘放在陽光直射的地方。
二、治標方法:
1，使用殺菌燈:紫外線殺菌燈能破壞生物DNA，殺菌滅藻，可用於消滅水中單細胞小球藻。壹般來說綠水3天左右就能消失，最慢不會超過10天。其實我個人不建議用UV燈，因為它殺死的不僅僅是小球藻，還有很多有益菌。
2.使用混凝劑:不建議混凝過濾掉浮遊藻類，對魚類有害。
3、生物防治:用水蚤吃小球藻，前提是池子裏沒有吃水蚤的魚。
4.鹽度控制:小球藻是壹種窄鹽生物，對鹽度的增加非常敏感，所以在水中加鹽對消除綠水非常有幫助。
5.使用除藻劑:雖然可以使用除藻劑，但不建議使用，因為它是壹種藥劑，對魚和草都有害。
6，抑制生長:可以減光，減少攝食，加強換水，比較安全，缺點是時間長。