1.陣發性腹痛:腹痛突然發生。疼痛發生時，病童面色蒼白，出汗，下肢彎曲。有的生病的孩子不哭，反而煩躁不安，突然安靜幾分鐘，像往常壹樣開心地玩耍，但很快又出現上述情況。
2.嘔吐:發病後立即出現腹痛，起初較頻繁，隨後可緩解。大多數嘔吐物是胃裏的東西。兒童經常拒絕母乳餵養或拒絕進食。後期如果發展成完全性腸梗阻，常見的嘔吐物為糞樣，有臭味。
3.便血:腸套疊最重要的癥狀之壹。發病後4 ~ 12小時，可出現帶粘液的紫色或“豬肝色”大便。
4.腹部包塊:當病兒安靜或睡著，腹壁松弛時，可在腹部摸到“香腸樣”包塊。如果是回盲部，腫塊多在右上腹部或腹部中間，表面光滑，稍可活動。腹痛時，腫塊明顯，腸鳴音亢進，右下腹有“空”感。
除以上急性腸套疊外，臨床上還有慢性復發性腸套疊，多見於成人。
大多數原因與腸道疾病有關，如小腸或回腸的腫瘤。慢性復發性腸套疊多為部分性腸梗阻，臨床癥狀不典型，以陣發性腹痛和腹部包塊為主，嘔吐、便血少見。通常在確診前進行x線鋇劑檢查。對於難以診斷的早期患兒，如果壹般情況良好，且無腸壞死跡象，可酌情進行低壓鋇灌腸。灌腸時，壓力不高。