龜頭和包皮內側要用溫水仔細清洗，然後用抗真菌軟膏處理。在使用外用藥物時，也可以使用口服藥物進行治療，如伊曲康唑。
黴菌性龜頭炎通常由女性黴菌性陰道炎引起。女性患黴菌性陰道炎後，如果性生活時不戴安全套，可能會將病菌傳染給男性。所以夫妻雙方都要同時治療。治療期間應避免性生活，註意身體衛生。