如果急性胃腸炎是明確的感染性腹瀉，可以用抗生素治療。壹般來說，如果不是感染性腹瀉，不建議使用抗生素治療胃腸功能紊亂。另外，如果黃連素是夏秋腹瀉，中醫在這方面有壹定優勢。葛根清連湯、藿香正氣散對夏秋季暑濕泄瀉仍有壹定療效。
必要時應用微生態制劑治療急性胃腸炎，主要針對腸道菌群失調的患者。應在醫生指導下，服用培飛康、正長生、朱莉常樂等微生物制劑。這些藥物可以抑制患者腸道內的細菌和病毒，促進腸道上皮的修復。另外，患者可以服用壹些中藥，酌情使用腸炎寧片、藿香正氣水等藥物。在治療期間，他們應該合理安排飲食，並補充更多的新鮮蔬菜或水果。