在這種情況下，使用抗生素不是很有效。對斷奶腹瀉盲目使用抗生素只能暫時控制有害細菌。修復受損小腸的根本問題是抗生素根本做不到，大劑量的抗生素又會反過來進壹步加重小腸黏膜和腸絨毛的損傷。
如果腹瀉不嚴重，建議使用功能性營養調節斷奶肽，通過調理和修復腸道來解決斷奶腹瀉問題。如果腹瀉嚴重，用多肽保護再康。