藥物
1.外治:用消腫止痛洗液坐浴，外用黃金膏。2.使用抗生素:急性發作時可使用抗生素，但壹般不應超過壹周。
外科療法
手術治療的原則是徹底切開瘺口，必要時同時切斷瘺口周圍的瘢痕組織，使傷口自下而上逐漸愈合。
根據瘺管的深度和彎曲程度，可選擇掛線療法、肛瘺切開或切除。少數病例可在肛瘺切除後縫合或遊離植皮。
肛瘺經過手術治療是可以治愈的。對於高位復雜性肛瘺，如果術中內口不清，分支較多，術後可能復發。部分患者在術中肛門括約肌損傷時，可能出現排便控制異常。