治療腸胃炎要禁食，糾正水電解質紊亂。通常情況下，患者只需要臥床休息，喝足夠的水(如口服補液鹽溶液)。即使是嘔吐的人，也要盡量多喝水。母乳餵養的寶寶要繼續母乳餵養。如果嘔吐或腹瀉持續時間較長或有嚴重脫水，就要進行靜脈補液。嘔吐嚴重時可添加止吐藥。如果腹瀉持續時間超過24 ~ 48小時，且無更嚴重細菌感染跡象，可加用止瀉藥。止吐藥和止瀉藥壹般不推薦給兒童使用。
因為抗生素可能會引起腹瀉或促進耐藥菌的生長，所以即使已經確定了腸胃炎的致病菌，通常也不推薦使用抗生素。但是，壹些致病菌(如彎曲桿菌、誌賀氏菌、霍亂弧菌等。)被感染或患者出現旅行者腹瀉，可使用抗生素。
抗生素對病毒感染引起的腸胃炎沒有作用。寄生蟲感染引起的腸胃炎需要使用抗寄生蟲藥物。