1.方法壹:瘺管切開術。適用於淺表部為括約肌間型或括約肌間型的肛瘺。切開後只會損傷內括約肌或外括約肌的壹部分皮下部分和淺表部分，不會造成術後肛門失禁。
2.方法二:掛線療法。它是壹種緩慢切開的方法，利用橡皮筋的機械壓迫，使結紮處的組織逐漸受壓而死。在切開瘺管表層組織的過程中，基底創面同時逐漸愈合。結紮線可作為瘺管的引流，排出瘺管內的滲出物，預防肛瘺的急性感染。這種方法最大的優點是逐漸切斷肛門括約肌，但不會因過度收縮而改變位置，壹般不會造成肛門失禁。操作起來也很簡單。
3.方法三:肛瘺切除術。適用於低位單純性肛瘺。瘺管切開後，瘺壁完全切除到健康組織，創面內小外大，壹般不縫合。
需要註意的事項
肛瘺患者壹定要盡早治療，而且在治療過程中，肛瘺患者也要註意食用富含維生素的清淡食物，如綠豆、蘿蔔、冬瓜等新鮮蔬菜。