但黃連因其味苦而寒，壹般不用於治療寒性腹瀉，如感冒引起的腹瀉，以及長期腎虛、氣虛、脾虛引起的腹瀉。
另外，肝郁引起的腹瀉壹般不用黃連。這種腹瀉壹般伴有抑郁或急躁情緒，腹瀉前會出現腹痛，腹瀉後會緩解，心情也會變好。
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