病毒性腸炎壹般不需要病原體治療，可以自愈。腸毒素性細菌性腸炎壹般不使用抗菌藥物。對於侵襲性細菌性腸炎，最好根據細菌藥敏試驗結果選擇抗生素。患細菌性痢疾時，由於誌賀菌對常用抗菌藥物的廣泛耐藥，壹般可選用復方磺胺甲惡唑(復方磺胺甲惡唑)、吡哌酸、慶大黴素、阿米卡星等。空腸彎曲菌腸炎可用紅黴素、慶大黴素、氯黴素治療。小腸結腸炎耶爾森菌腸炎常用慶大黴素、卡那黴素、復方磺胺甲惡唑、四環素、氯黴素。沙門氏菌腸炎輕度患者可使用抗菌藥物，重度患者可使用氯黴素或復方磺胺甲惡唑。侵襲性大腸桿菌腸炎可用新黴素、粘菌素、慶大黴素治療，均可取得良好效果。阿米巴痢疾、賈第鞭毛蟲和滴蟲引起的腸炎可用甲硝唑治療。血吸蟲病可以用吡喹酮治療。白色念珠菌腸炎口服制黴菌素治療，效果良好。對於系統性真菌感染，應使用兩性黴素B。
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